學院設有作物學博士后流動站、作物學一級學科博（碩）士點，作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種、植物生物技術、農產品質量安全與環境、農業信息化技術、區域農業發展、作物生產裝備及其自動化等7個二級學科博（碩）士點和生態學二級學科碩士點，以及農業推廣碩士專業學位點（含作物、農村與區域發展2個培養領域）；學院設有農學、農村區域發展2個本科專業和農學（農業信息技術）專業方向，其中農學專業為江蘇省首批品牌專業和國家特色專業建設點，農村區域發展專業是揚州大學特色專業建設點。
重點學科：作物栽培學與耕作學，為國家級重點學科，發源于1902年著名實業家、教育家張謇先生創辦的江海農學堂。20世紀60年代開始招收研究生，1981年獲碩士學位授予權，1998年獲博士學位授予權，2000年獲作物學一級學科博士學位授予權，2003年獲準設立作物學博士后流動站。1986年、1994年、2001年相繼被確定為江蘇省重點學科，2006年被評為國家級重點學科。其中，農產品質量安全及其控制方向于2005年被遴選為江蘇省重點（交叉）學科。1996年后，一直為中國作物學會栽培專業委員會掛靠單位。